Shin Ultraman se passa no Japão de um futuro próximo, a crescente ameaça das "Espécies Classe S", formas de vida gigantes e desconhecidas, desafia as armas convencionais e coloca o país em alerta máximo. Para enfrentar essa ameaça, o governo japonês ativa o Protocolo de Supressão de Espécies Classe S e forma a unidade de execução SSSP. Os membros da equipe incluem o líder Fumio Tamura (Hidetoshi Nishijima), o estrategista Shinji Kaminaga (Takumi Saitô), o físico Taki Akihisa (Daiki Arioka) e a bióloga Yume Funaberi (Akari Hayami). Quando uma gigantesca criatura prateada surge do espaço, a SSSP enfrenta um novo nível de perigo. Hiroko Asami (Masami Nagasawa), uma analista recém-nomeada, se junta ao grupo e é designada para trabalhar ao lado de Shinji Kaminaga. Agora, a SSSP deve unir suas habilidades e enfrentar essa ameaça colossal para proteger a Terra.
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