Em Milagres do Paraíso, Christy (Jennifer Garner) e Kevin Beam (Martin Henderson) são pais de três meninas: Abbie (Brighton Sharbino), Annabel (Kylie Rogers) e Adelynn (Courtney Fansler). Eles vivem em uma confortável casa, junto de cinco cachorros, e acabaram de abrir uma clínica veterinária, o que fez com que tivessem que apertar os cintos e hipotecar a casa. Cristãos convictos, os Beam vão à igreja com frequência. Um dia, Annabel começa a sentir fortes dores na região do abdomem e, após diversos exames, é constatado que a garota possui um grave problema digestivo. Tal situação faz com que Christy busque a todo custo algum meio de salvar a vida da filha, ao mesmo tempo em que se afasta cada vez mais de sua crença em Deus.
