Em Lupe – A Cidade dos Sonhos, acompanhamos a história do talentoso boxeador Rafael (Rafael Albarran), um jovem imigrante cubano que vai para Nova York procurar sua irmã, Isabel (Lucerys Medina), que ainda adolescente foi levada para trabalhar como prostituta e está desaparecida desde então. Enquanto enfrenta a indústria sexual clandestina da cidade, Rafael entra em conflito sobre sua própria identidade de gênero e começa a se tornar quem ele sempre quis ser: Lupe.