Em 1810, quando Napoleão Bonaparte invade Portugal, as tropas lideradas pelo General Wellington (John Malkovich) arquitetam um plano para derrotar o inimigo: fingir a rendição para atrair os franceses às terras de Lisboa e assim cercá-los entre as fortalezas do local. Faz parte da estratégia retirar toda a comida e água na região, para ter certeza de que eles não poderão sobreviver. Isto também implica evacuar por completo a população local. "Linhas de Wellington" mostra este êxodo forçado dos portugueses, ora corajosos e cheios de esperança, ora satisfazendo seus instintos da maneira mais amoral e desumana.
