Ainu Mosir conta a história de Kanto (Kanto Shimokura), um sensível garoto de 14 anos que recentemente perdeu o pai e vive numa vila indígena no norte do Japão, onde a subsistência da comunidade depende da preservação de suas antigas tradições. Os outros adolescentes locais estão insatisfeitos com seus pais, que os forçam a participar de rituais culturais, especialmente quando por eles não saberem o idioma.
Um amigo de longa data da família, Debo (Debo Akibe), o apresenta os segredos e a sabedoria de seus ancestrais, mostrando ao menino meios que o ajudem a moldar sua jornada de autodescoberta. Mas, sem o conhecimento de Kanto, um debate entre a comunidade sobre uma cerimônia controversa está se formando.
